باکتری همزیست برنج جایگزین کودهای شیمیایی می شود

این پژوهشگر با اشاره به باکتری سودوموناس اشتوتسری A۱۵۰۱ افزود: این باکتری یکی از انواع باکتری هایی است که به صورت همزیست با ریشه گیاه برنج شناسایی شده و قادر است نیتروژن هوا را جذب، تثبیت کند و در اختیار گیاه قرار دهد.

مرعشی هدف از انجام این طرح را شناسایی و درک نحوه عملکرد سودوموناس اشتوتسری دانست و بیان کرد: با استفاده از اطلاعاتی که در زمینه محتوای ژنتیکی سودوموناس اشتوتسری در دسترس بود، ابتدا مجموعه آنزیم های این باکتری شناسایی شد.

وی عنوان کرد: سپس در مرحله بعد مجموعه واکنش هایی که توسط این آنزیم ها کاتالیز می شوند مورد شناسایی قرار گرفت و بدین ترتیب شبکه پیچیده از واکنش ها بدست آمد.

این پژوهشگر خاطرنشان کرد: با داشتن شبکه متابولیک می توان مسیرهای فعال بیوشیمیایی و میزان فعالیت این مسیرها را توسط روشی ریاضیاتی به نام «مدلسازی مبتنی بر قید» پیش بینی و مطالعه کرد. مرعشی گفت: در مرحله نهایی صحت و دقت مدل مربوطه با استفاده از انجام آزمایش های مناسب و نیز بررسی داده های منتشرشده در مقالات پیشین مورد بررسی قرار گرفت.

وی افزود: به این ترتیب نشان داده شد که مدل پیشنهادی ما برای متابولیسم باکتری سودوموناس اشتوتسری A۱۵۰۱ قادر است پیش بینی هایی انجام دهد که به شکل قابل قبولی با داده های آزمایشگاهی مربوط به میزان جذب و مصرف منابع مختلف قندی و نیتروژنی منطبق هستند.

این پژوهشگر تاکید کرد: مدلی که در این پژوهش بدست آمده است اولاً ما را قادر خواهد کرد تا بتوان همزیستی این باکتری با گیاه برنج را بهتر درک کنیم و ثانیا چنین مدلی می تواند دستکاری های ژنتیکی احتمالی را در این باکتری پیشنهاد کند که به بهبود ویژگی های متابولیک آن (مثلاً بهبود تثبیت نیتروژن) ‌منجر شود.

نتایج این طرح در قالب مقاله در نشریه Molecular BioSystems و همچنین در پنجمین همایش ملی بیوانفورماتیک ایران در دانشگاه تهران و در چهارمین کنفرانس بین المللی بازسازی و آنالیز مبتنی بر قید شبکه، COBRA۲۰۱۵ در شهر هایدلبرگ آلمان ارائه شده است.

به گزارش مهر، مدل متابولیک ارائه شده به صورت دسترسی آزاد در اختیار محققان قرار دارد که می تواند در پژوهش های آتی بر روی این باکتری مورد استفاده قرار گیرد.