پیشبینی ژنهای ماهی سفید با کمک فناوری توالییابی
«بررسی ترانسکریپتوم دو نژاد بهاره و پاییزه ژنوم مولدین ماهی سفید» با استفاده از روش دادههای RNA-seq» عنوان طرحی است که توسط یکی از پژوهشگران دانشگاه گیلان در قالب رساله دکتری با حمایت بنیاد ملی علم ایران انجام شده است.
به گزارش خبرگزاری سیناپرس، «بررسی ترانسکریپتوم دو نژاد بهاره و پاییزه ژنوم مولدین ماهی سفید (Rutilus firisi kutum، Kamensky ۱۹۰۱) با استفاده از روش دادههای RNA-seq» عنوان طرحی است که سامان فراستی در قالب رساله دکتری و با راهنمایی مجیدرضا خوشخلق انجام داده است.
فراستی با مدرک دکتری تخصصی مهندسی منابع طبیعی – شیلات – تکثیر و پرورش آبزیان از دانشگاه گیلان درباره این طرح توضیح داد: توالییابی از ترانسکریپتومها در شیلات بهعنوان یک ابزار قدرتمند بهمنظور تعیین ژنها و مسیرهای بیولوژیکی ایجادکننده صفتهای عملکردی بسیار مهم از قبیل ایمنی، رشد و تولید مثل استفاده میشود.
وی ادامه داد: با توجه به اهمیت اقتصادی و اکولوژیکی ماهی سفید، تحت خطر قرار داشتن جمعیتهای آن و از طرفی عدم تفکیک دو سویه بهاره و پاییزه از لحاظ ویژگیهای سلولی مولکولی و با توجه به عدم بررسی ترانسکریپتومهای این گونه، اهمیت استفاده از این روش بسیار قابل توجه بود.
این پژوهشگر ادامه داد: بیان ژنهای مختلف در سطح دو سویه میتواند باعث ایجاد اختلافهای عملکردی و رفتاری در بین آنها شود. با این حال، تاکنون مطالعهای بهمنظور مقایسه ژنهای دو سویه ماهی سفید انجام نشده و دلیل رفتارهای مهاجرتی آنها در هالهای از ابهام قرار دارد.
به گفته فراستی از طرفی، با توجه وضعیت بسیار چالش برانگیز بسترهای تکثیر دو سویه و همچنین کاهش قابل توجه جمعیت آنها، تهیه نقشههای ژنومی مرجع برای این گونه بومی اقتصادی میتواند بسیار قابل توجه باشد.
وی اضافه کرد: با توجه به این دلایل، مقایسه جامع توالی ترانسکریپتومهای این دو سویه میتواند اطلاعات بسیار سودمندی را در زمینه برنامههای مدیریتی شیلاتی در آینده در اختیار قرار دهد.
این محقق بیان کرد: استفاده از فناوری توالییابی نسل جدید در پیشبینی ژنها عملکردی، مسیرهای مولکولی و ژنهای جدید در ماهی سفید و احتمال تفکیک دو سویه بهاره و پاییزه ماهی سفید با استفاده توالییابی ترانسکریپتومها برای اولین بار از جمله اهداف انجام این طرح بود. بر طبق نتایج حاصل شده از این مطالعه مشخص شد که علیرغم وجود تعداد زیادی ژن با بیان افتراقی در بین این دو سویه، تعداد ۲۱ ژن اختصاصی مربوط به تولید مثل و مهاجرت در آنها شناسایی شد. تعدادی از این ژنها بین دو سویه به صورت مشترک و تعدادی نیز به صورت اختصاصی در هر کدام از سویهها شناسایی شدند.
فراستی خاطرنشان کرد: همچنین ثبت توالی ترانسکریپتومهای ماهی سفید بهعنوان یک گونه بومی در مرکز ملی اطلاعات زیستفناوری، برای اولین بار و ارجاع به توالیهای ثبت شده بهعنوان اولین توالیهای ژنومی مرجع و استفاده از نتایج در برنامههای مدیریتی شیلات از دیگر اهداف این طرح بود که خوشبختانه محقق شد.
