راه‌اندازی جدیدترین و معتبرترین سیستم آنالیز کمی جوامع میکروبی در کشور
دکتر سید ابوالحسن شاهزاده فاضلی در خصوص راه‌اندازی این تکنیک گفت: به منظور شناسایی ترکیب جامعه میکروبی تعداد زیادی از روش‌های بیوشیمیایی و مولکولی به کار برده می‌شود. روش‌های بررسی اکولوژی میکروبی به دو دسته روش‌های وابسته به کشت و روش‌های مستقل از کشت تقسیم می‌شوند. محدودیت عمده تکنیکهای وابسته به کشت این است که بیش از 99 درصد میکروارگانیسم‌های موجود در هر محیط و قابل مشاهده توسط میکروسکوپ توسط تکنیکهای استاندارد کشت، قابل کشت نیستند. بنابراین بخش عظیمی از اجتماع میکروبی موجود در طبیعت قابل کشت در آزمایشگاه نیست و در نتیجه منبع اولیه اطلاعات برای این میکروارگانیسم‌های غیر قابل کشت اما زنده، بیومولکول‌های آنها مانند اسیدهای نوکلئیک، لیپید و پروتئین‌های آنها است.
وی خاطرنشان کرد: تکنیکهای بررسی مولکولی به منظور بررسی فیلوژنتیکی و تنوع متابولیکی میکروارگانیسم‌ها متاژنومیکس (Metagenomics) است. مفهوم متاژنومیکس که بر پایه استفاده از تکنولوژی و تکنیکهای نسل جدید توالی یابی استوار است، یکی از روش‌های بررسی کل اجتماع میکروبی است. متاژنومیکس به توالی یابی و آنالیز DNA استخراج شده به طور مستقیم از نمونه‌های محیطی بدون نیاز به کشت ارگانیسم‌های موجود در نمونه گفته می‌شود.
فاضلی اظهار کرد: تحقیقات متاژنومیک را می‌توان در مورد محیط های مختلفی مانند خاک، فیلوسفر، بستر اقیانوس، آبهای دریاها و چشمه‌ها، معادن اسیدی، نواحی بسیار شور، نواحی بسیار داغ، بدن موجودات زنده و انواع محیط‌های حاوی جوامع میکروبی به کار برد و از نتایج آن در تهیه تنوع فیلوژنتیکی و تنوع متابولیکی و برای فهم نقش بیوشیمیایی میکروارگانیسم‌های غیر قابل کشت و برهمکنش آنها با دیگر فاکتورهای زیستی و غیر زیستی حیات استفاده کرد.
وی تصریح کرد: تحقیقات متاژنومیکس علاوه بر استفاده از جدیدترین تکنولوژی‌های توالی یابی برای حصول اطلاعات ژنتیکی خام نیازمند دقیق‌ترین و جدیدترین روش‌های آنالیز بیوانفورماتیکی برای فرآوری و پالایش اطلاعات بسیار انبوه جوامع میکروبی نیز است.
فاضلی افزود: مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران که رسالت خود را جمع آوری، شناسایی، حفظ و ذخیره و ارائه ذخایر ژنتیکی و زیستی می‌داند، پس از انجام موفقیت آمیز اولین پروژه توالی یابی کامل ژنوم‌های میکروارگانیسم‌های بومی ایران با در اولویت قرار دادن تحقیقات مبتنی بر متاژنومیکس و آنالیز متاژنومی محیط‌های مختلف میکروبی گام بلند دیگری را در جهت نیل به شناسایی و حفظ و بهره برداری از ذخایر ژنتیکی میکروبی ارزشمند این مرز و بوم برداشته است.
وی تصریح کرد: در این راستا مرکز ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران موفق به استقرار و راه‌اندازی سیستم آنالیز کمی و فیلوژنتیکی داده‌های متاژنوم (QIIME) در کشور شده است. سیستم آنالیز QIIME که در سال 2010 و با چاپ در نشریه معتبر Nature methods به محققان و دانشمندان عرصه متاژنومیکس و ژنومیکس میکربی معرفی شد، با داشتن تعداد ارجاعات (Citation) فراوان از مقالات و تحقیقات معتبر و گوناگون به عنوان جدیدترین و معتبرترین روش آنالیز کمی جوامع میکروبی شناخته شده است. با استفاده از این روش می‌توان به درستی به تنوع میکروبی موجود در هر محیط دست یافت و سطوح مختلف تنوع ژنتیکی آلفا و بتا را در چندین جامعه میکروبی به طور همزمان و مقایسه‌ای مورد مطالعه قرار داد.
به گزارش ایسنا، راه‌اندازی این روش علاوه بر این که راهگشای بررسی‌های متاژنومی مناطق مختلف در مرکز است، به عنوان یک خدمت بسیار تخصصی قابل ارائه به متقاضیان و محققان داخلی و خارجی است.
No tags for this post.
