در این کنگره که به همت دبیرخانه توسعه علوم و فناوری کشورهای اسلامی و با مشارکت ستاد توسعه علوم و فناوری گیاهان دارویی و طب سنتی معاونت علمی برگزار می شود، فراهم کردن مناسب‌ترین فضا برای معرفی توانمندی‌ها و ظرفیت‌های منحصربه‌فرد فعالان حوزه سلامت کشورهای اسلامی و رونق اقتصادی و فناوری در حوزه سلامت جهان اسلام مورد بررسی قرار می گیرد.
اهداف برگزاری این کنگره ایجاد شبکه‌ای منسجم از فعالان حوزه سلامت کشورهای اسلامی به منظور تعریف همکاری‌های مشترک، بررسی چالش‌ها و مشکلات موجود در مسیر توسعه مناسبات کشورهای اسلامی در حوزه سلامت، تعریف زیرساخت‌های لازم با بهره‌مندی از توان‌بخش خصوصی به‌منظور توسعه روابط بین‌المللی، تبیین اهداف مشترک در حوزه سلامت با بهره‌مندی از اشتراکات دینی، اجتماعی، اقتصادی و فرهنگی کشورهای اسلامی است.
از دیگر محورهای این کنگره می‌توان به گردشگری سلامت، سبک زندگی سالم (محیط زیست، صنایع غذایی، ورزش)، طب سنتی و گیاهان دارویی، بیمه، خدمات درمان و سلامت عمومی، دارو و تجهیزات پزشکی و همچنین توسعه روابط دانشگاهی و فناوری اشاره کرد.