پدرش سیدفضلالله مردی روحانی و متقی بود و در هفته دو روز را به روستاهای اطراف میرفت تا آنان نیز بتوانند نماز را به جماعت بخوانند. سید در سن ۴ سالگی آموختن را آغاز نمود.
در سن ۷ سالگی برای رفتن به مدرسه آماده شد و چون کودکی تیز و باهوش بود در کلاس چهارم ثبت نام کرد. سال ششم ابتدایی به عنوان رتبه دوم شهر معرفی گشت. وی سپس به دبیرستان سعدی راه یافت. هنوز دو سال نگذشته بود که به مطالعه علوم دینی علاقه مند شد. در سال ۱۳۲۱ مدرسه را رها کرد و در جست وجوی نکته های آئین محمدی (ص) در مدرسه صدر اصفهان به تحصیل پرداخت. بعد از آموختن فقه و پایان دورهی سطح در سال ۱۳۲۵ به قم مهاجرت نمود و در مدرسه حجتیه ساکن شد و از محضر آیت الله داماد، اردکانی یزدی، امام خمینی (ره)، آیت الله بروجردی، آیت الله حجت، آیت الله سیدمحمدتقی خوانساری و… کسب فیض نمود. در سال ۱۳۲۷ در امتحانات متفرقه دبیرستان شرکت کرد و بعد از اخذ مدرک دیپلم ادبی به دانشگاه الهیات و معارف راه یافت. او که زبان فرانسه را در دبیرستان فرا گرفته بود،
به علت علاقه به زبان انگلیسی، برای تکمیل آن در تهران یک دوره کلاس فشرده رفت. سال سوم دانشگاه در تهران ساکن شد اما در سال ۱۳۳۰ به قم بازگشت و در مدرسه ای به عنوان معلم زبان انگلیسی مشغول به کار شد. در همین سال مدرک کارشناسی خود را از دانشگاه دریافت کرد. سپس در محضر علامه طباطبایی اسفار و فلسفه را فرا گرفت. در اردیبهشت ماه سال ۱۳۳۱ با صبیهی مکرم یکی از روحانیون ازدواج نمود و صاحب ۴ فرزند شد. در سال ۱۳۳۳ در قم دبیرستانی با شیوهی جدید به نام دبیرستان "دین و دانش" تأسیس کرد. سیدمحمد حسینی بهشتی مدرک دکترای فلسفهی خود را از دانشگاه تهران دریافت کرد و در سال ۱۳۳۸ کلاسهای زبان انگلیسی، عربی، علوم طبیعی را در دبیرستان دین و دانش به منظور تحصیل طلاب حوزهی علمیه به راه انداخت.
در سال ۱۳۳۹، سازمان دادن به حوزه علمیه قم را از اهم فعالیتهای خود دانست و با طرح یک برنامه منسجم و همیاری آیت الله گلپایگانی در سال ۱۳۴۲ مدرسه حقانی از جمله مدارس نمونه علوم حوزوی شد. بعد از سخنرانی دکتر بهشتی در جشن مبعث دانشگاه تهران و چاپ آن در مجلهی مکتب تشیع، یک هسته تحقیقاتی به وجود آمد که قرار شد پیرامون حکومت در اسلام تحقیق و مطالعه شود.
وی از سال ۱۳۴۱ به رهبری امام (ره) مبارزات خود را آغاز کرد و در سال ۱۳۴۲ بر اثر فشار و تهدید ساواک به تهران انتقال یافت و با جمعیت هیئتهای مؤتلفه ارتباط پیدا نمود. در این زمان به پیشنهاد شورای مرکزی، امام (ره) یک گروه چهار نفری بهعنوان شورای فقهی و سیاسی برای آنان تعیین کرد که این شورا متشکل از استاد مطهری، انواری، مولایی و دکتر بهشتی بود. در سال ۱۳۴۳ مسلمانان هامبورگ برای مسجد تازه تأسیس خود که به وسیله آیت الله بروجردی ساخته شده بود، تقاضای یک روحانی کردند و با اصرار آیتالله میلانی و حائری، دکتر بهشتی رهسپار آلمان شد و در آنجا هسته انجمنهای اسلامی دانشجویان گروه فارسیزبان را تأسیس کرد.
شهید بهشتی در این مدت زبان آلمانی را نیز فرا گرفت و در سال ۱۳۴۹ از این کشور خارج شد. او سفرهایی به لبنان، سوریه، عربستان (مکهی مکرمه) و ترکیه برای دیدار امام موسی صدر – دوست دیرین سالهای تحصیل در قم – داشت. زمانیکه به ایران بازگشت، دولت او را ممنوعالخروج نمود لذا در سال ۱۳۵۰ کلاس تفسیر قرآن برپا کرد تا اینکه در سال ۱۳۵۴ دستگیر و چند روز در زندان کمیته مرکزی محبوس گشت. وی بعد از رهایی، دیگر نتوانست برپائی این کلاس را ادامه دهد اما بههمراهی دکتر باهنر در بخش برنامهریزی کتاب وزارت آموزش و پرورش به تهیه و تدوین کتاب دینی برای مدارس اقدام کرد و از این طریق، فکر دینی و آشنایی با قرآن را وارد کتب درسی نمود.
شهید بهشتی در روز اول بهمن ماه سال ۱۳۵۳ از رساله دکترای خود – چرا که تا آن زمان بهعلت انجام فعالیتهای فرهنگی سیاسی نتوانسته بود آن را به پایان برساند – تحت عنوان "مسائل مابعدالطبیعه در قرآن" با راهنمایی استاد مطهری – که استاد راهنمای وی بود – دفاع کرد. وی در سال ۱۳۵۷ بار دیگر برای چند روز به زندان افتاد و بعد از رهایی به دیدار امام (ره) در پاریس رفت و هستهی اصلی شورای انقلاب – که متشکل از استاد مطهری، هاشمی رفسنجانی، موسوی اردبیلی، باهنر و شخص خود شهید بهشتی بود – را با نظر امام (ره) تشکیل داد. شهید بهشتی بهدنبال پیروزی انقلاب اسلامی بهعنوان دبیر شورای انقلاب معرفی گشت و بعد از تعیین اعضای مجلس خبرگان به انتخاب مردم، تدوین قانون اساسی را بر عهده گرفت و با آوردن دلایل و براهین مستند، اصل ولایت فقیه را در مجلس خبرگان به تصویب رساند. وی همچنین در این سالها حزب جمهوری اسلامی را به یاری دوستان و افراد حزباللهی تأسیس کرد.
چندی بعد نیز حضرت امام خمینی (ره) مسئولیت دیوان عالی کشور را در اسفندماه سال ۱۳۵۸ به شهید بهشتی سپردند تا عدل و قسط در جامعه رواج یابد. سرانجام این یاور بزرگ امام (ره) در روز هفتم تیرماه سال ۱۳۶۰ در سن ۵۳ سالگی از میان خاکیان رخت بربست و ایران اسلامی را داغدار خود نمود. انفجار بمب توسط منافقین کوردل در ساختمان حزب جمهوری اسلامی او و ۷۲ لالهی سرخ ایثار و اخلاص را پرپر ساخت. پیکر پاک این شهید مظلوم انقلاب اسلامی هماکنون در بهشت زهرای تهران مدفون است.