راهی برای بازیابی میکروب های روده در حال ناپدید شدن

یک مطالعه ژنومی که توسط محققان دانشگاه استنفورد، کالیفرنیا انجام شد، توالی‌یابی متاژنومی فوق‌العاده عمیق را روی 351 نمونه مدفوع از قبیله شکارچیان هادزا در تانزانیا انجام دادند.

به گزارش سیناپرس همدان، این تیم در مقاله خود با عنوان “توالی یابی فوق العاده عمیق شکارچیان هادزا، میکروب های روده در حال ناپدید شدن را بازیابی می کند” که در Cell منتشر شده است، این تیم مجموعه خود را از مجموعه گسترده ترین داده های توالی یابی میکروبیوم روده از یک جمعیت قبیله ای شکارچی-گردآورنده با جزئیات شرح می دهد.

ترکیب میکروبیوم می تواند در سراسر جهان به طور قابل توجهی متفاوت باشد، بسته به رژیم غذایی محلی و تماس با محیط این ترکیبات متفاوت خواهد بود. مطالعات میکروبیوم به شدت به سمت جمعیت های صنعتی غربی با تنوع میکروبیوم کم است. تصور می شود که تنوع کم ناشی از مصرف غذاهای بسیار فرآوری شده، استفاده مکرر از آنتی بیوتیک، میزان سزارین، سطح بهداشت و کاهش تماس فیزیکی با حیوانات و خاک باشد.

این ارتباط علّی با بررسی جمعیت‌های غیرصنعتی، از جمله شکارچیان، با تنوع میکروبیومی بسیار بالا، پشتیبانی می‌شود. همچنین می توان آن را در میکروبیوم تغییر یافته مهاجران از مناطق غیر صنعتی به فرهنگ های صنعتی غربی به عنوان انتقالی به سمت تنوع میکروبیوم کمتر مشاهده کرد.

تجزیه و تحلیل قبلی کوپرولیت‌های انسان باستانی نشان می‌دهد: میکروبیوم‌های باستانی بیشتر به تنوع بالای میکروبیوم‌های غیرصنعتی مدرن شباهت دارند تا میکروبیوم‌های صنعتی.

این دودمان میکروبی مرتبط با انسان در طول زمان عمیق تکاملی به نسل‌های انسان‌نما منتقل شده‌اند و دانستن اینکه میکروبیوتای روده نقش اساسی در سلامت انسان ایفا می‌کند، نشان می‌دهد که جنبه‌های گمشده میکروبیوم صنعتی به معنای از دست دادن عملکردهایی است که این میکروب‌ها ارائه می‌کنند.

مردم هادزا در مطالعه حاضر در دره ریفت مرکزی تانزانیا در کمپ هایی با تقریباً 5 تا 30 نفر زندگی می کنند. افراد تقریباً هر چهار ماه یکبار بین مکان های کمپ جابجا می شوند. آنها عمدتاً از چشمه ها و نهرها آب می نوشند و رژیمی دارند که شامل گیاهان غده ای و علوفه ای، توت ها، عسل و حیوانات شکار شده است.

توالی یابی متاژنومی بر روی نمونه های مدفوع جمع آوری شده از 167 فرد هادزا انجام شد. بیش از نیمی (59.7٪) از 8.4 میلیون خانواده پروتئینی موجود در میکروب های روده هادزا در پایگاه داده یکپارچه پروتئین گوارشی انسان وجود ندارند. گونه های باکتریایی و ویروسی موجود در میکروبیوم ها کاتالوگ جهانی میکروبیوتای شناخته شده را حدود 24 درصد افزایش می دهند.

برای مقایسه محلی، تیم این یافته ها را با کالیفرنیایی های بالغ مقایسه کرد و دریافت که در حالی که میکروبیوم روده بالغ هادزا به طور متوسط شامل 730 گونه است، تنها 277 گونه در میکروبیوم روده کالیفرنیایی ها وجود دارد.

نویسندگان بیان می کنند، یک چالش مهم این است که تاثیر این میکروب ها را بر فیزیولوژی انسان مشخص کنیم و تعیین کنیم که فقدان یا حضور گونه ها و عملکردها در کدام زمینه ها برای سلامت انسان مفید یا مضر است.

دانستن تأثیرات فقدان تنوع بر متابولیسم های غربی یا اینکه جمعیت هادزا با داشتن این تنوع قوی از چه بیماری هایی، در صورت وجود، اجتناب می کنند، شگفت انگیز خواهد بود. بعید است که میکروبیوتای گمشده از جمعیت های صنعتی بدون دلیل باشد، هرچند ممکن است به سادگی این دلایل مشخص نباشد.

به لطف تلاش‌های فعلی، محققان در آینده رازهای جدیدی برای حل کردن دارند و مجموعه داده‌های توالی بسیار عمیقی برای هدایت پرسش‌هایشان دارند.

منبع: Cell 

مترجم: کیانوش کرمی