بنابر اعلام معاونت تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، براساس ارزشیابی فعالیت‌های پژوهشی و فناوری مراکز تحقیقات بیومدیکال دارای ردیف مستقل بودجه، پژوهشگاه رویان جهاددانشگاهی (علوم سلولی رویان) موفق به کسب رتبه سوم در گروه ارزشیابی مرتبط شده است.
بنابر اعلام معاونت تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، پژوهشگاه رویان جهاددانشگاهی (علوم سلولی رویان) به مانند ارزیابی اخیر این وزارتخانه در سال گذشته، اما با امتیاز و نمره بهتر در برونداد پژوهشی، همکاری‌های بین المللی، استنادات به مقالات ۵ ساله، شاخص اچ ۵ساله و همچنین امتیاز کل بیشتر، موفق به کسب رتبه سوم در گروه ارزشیابی مرتبط شده است.
همچنین در این ارزشیابی، مرکز تحقیقات پزشکی تولید مثل پژوهشگاه رویان موفق به کسب رتبه هفتم در بین ۷۶ مرکز تحقیقات بیومدیکال شد.
پژوهشگاه رویان که در قالب سه پژوهشکده و چند مرکز تخصصی فعالیت می‌کند، رتبه‌های برتر دیگری را در سطح ملّی، بین المللی و واحدهای پژوهشی جهاددانشگاهی کسب کرده است و بنابر اعلام رتبه‌بندی اس آی آر (SIR) پژوهشگاه رویان در رتبه هشتم کشور و ۵۵۵ام جهان قرار گرفته است. بهترین عملکرد پژوهشگاه رویان در بعد نوآورانه است که بعد نوآوری شامل پروانه ثبت اختراع، تأثیر فناورانه و دانش نوآورانه است.
به نقل از پایگاه اطلاعات علمی جهاددانشگاهی (SID)، پژوهشکده زیست‌شناسی و فناوری سلول‌های بنیادی رویان در رتبه ششم کشور و ۵۳۶ام جهان با بهترین عملکرد در بعد نوآوری است که در این بعد در رتبه اول خاورمیانه قرار گرفته است. همچنین پژوهشکده زیست‌شناسی و فناوری سلول‌های بنیادی رویان بهترین عملکرد را در میان سازمان‌های جهاددانشگاهی داشته است.
پژوهشکده تولید مثل پژوهشگاه رویان نیز در رتبه ۲۷ام کشور و ۶۵۳ام جهان قرار گرفته است. بهترین عملکرد این پژوهشکده نیز در بعد نوآوری است که در این بعد در رتبه دوم خاورمیانه قرار گرفته است.