در تاریخ علم مسلمانان، علوم پایه همچون شیمی، فیزیک، ریاضی و آمار، زیست شناسی و علوم زمین از اهمیت خاصی برخوردار هستند. در واقع این علوم نقش بنیان نظری و ارکان شاخه‌های دانش بشری و رشته‌های دانشگاهی را دارند.
کشورهای توسعه یافته سرمایه گذاری‌های قابل توجهی از طریق دانشگاه‌ها و سایر مراکز پژوهشی در علوم پایه انجام داده‌اند و سرمایه گذاری در علوم پایه زمینه‌های توسعه صنعتی، علمی و فنی را گسترش داده است .
بر این اساس کارگروه علوم پایه صندوق حمایت از پژوهشگران و فناوران معاونت علمی با تعیین عرصه‌های اولویت دار بر اساس اسناد بالادستی و نیاز کشورمان ، به بررسی و ارزیابی طرح‌های پژوهشی پژوهشگران این حوزه می‌پردازد. اعضای این کارگروه از استادان برجسته و اعضای هیات علمی دانشگاه‌های معتبر در رشته های ذیربط هستند.
طرح‌ها تصویب شده در این کار گروه در زمینه های بیو شیمی، بیوانفورماتیک، شیمی معدنی، ریاضی، فیزیک، شیمی تجزیه و شیمی آلی هستند.
همچنین در کارگروه آلاینده‌های زیست محیطی و سلامت صندوق نیز از تعداد 4 طرح داوری شده 2 طرح با موضوع استفاده از بیوچار در کاهش فلزات سنگین فاضلاب ها و استفاده از مواد موثر بر انغوزه برای ساخت ظروف یکبار مصرف ضد میکروبی تصویب شدند.
صندوق حمایت از پژوهشگران و فناوران کشور دارای 13 کارگروه تخصصی با موضوع های مختلف است که طرح های ارائه شده از سوی محققان و پژوهشگران را مورد بررسی قرار می دهد و با تصویب هریک از طرح ها، میزان حمایت مادی و معنوی آن طرح، از سوی صندوق حمایت از پژوهشگران و فناوران کشور مشخص می شود.