بنای امام زاده جعفر بر نقشه چند ضلعی ساخته شده و دارای گنبد دو پوش به شکل ارچین یا مضرس 4 بوده و گنبد داخلی نیز به شکل نیم کروی اجراشده است .
در کتاب " منتقله الطالبیه " آمده است :« بروجرد: مات بها ابو القاسم جعفر بن الحسین بن علی بن الحسن المکفوف ابن الحسن الافطس ابن علی بن زین العا بد ین علیه السلام»
پوشیده نماند که بر خلاف آنچه صاحب " منتقله الطالبیه " ذکر نموده آنچه نزد مردم بروجرد معروف است که این امام زاده از فرزندان موسی بن جعفر علیه السلام است، شاید از طرف مادر به موسی بن جعفر علیه السلام منتسب باشد.
آنچه در کتاب " مشاهده العتره الاهره " از نسب و محل دفن این بزرگوار نوشته شده است :« بروجرد : با لفتح ثم الضم ثم السکون و کسر لجیم و سکون الراء و دال مهمله بلده بین همدان و بین الکرج … دفن بها الحسین بن محمد بن الحسین بن عیسی بن زید بن الامام علی زین العابدین علیه السلام و کذا اخوه الحسن بن محمد المذکور امه ام اخیه فاطمه بنت موسی الکاظم علیه السلام و قبره فی بروجرد »
بر اساس کتاب " دورنمای بروجرد " یکی از دانشمندانی که در قتل عام این شهر در زمان مغول کشته شد، ابو الخیر جعفر بن کاظم است، او از روات و بزرگان ومحدثان بوده و سلسله اجازه روات حدیثش به نه واسطه به ابوذر غفاری صحابه مشهور پیامبر می رسد.
در یکی از حجرات بقعه سنگ قبری مربوط به یک زن از مرمر سفید با خط کوفی بسیار زیبائی وجود دارد . بر وسط سنگ چنین نوشته شده است:
« کل نفس ذائقه الموت و الیه ترجعون و بر حاشیه آن چنین نوشته شده بود : بسم الله الرحمن الرحیم . هذا قبر ست النساء بنت العباس بن حسن بن عباس رحمها الله و غفر لهامات سنه احدی و خمس مائه 501 ه.ق »
در مجموع بنای مورد بحث از پنج قسمت،ایوان،اتاق ورودی،رواق،اتاق مقبره(گنبد خانه) و سرداب تشکیل شده است . در ورودی بنا در ضلع جنوب قرار داشته و مصالحی که برای ساخت بنای قدیمی مورد استفاده قرار گرفته عبارتند از : آجرهای قرمز رنگ با ضخامت 6 سانتی متر و سطح روی دیوار های درونی بوسیله گچ روکش شده است. گنبد بنا تمامأ با آجر ساخته شده و آجرهای به کار گرفته در بدنه 7×5/21 سانتی متر هستند .
طرح بیرونی بنا به علت الحاقات در دوره های مختلف شکل نامنظمی به خود گرفته است . اندازه اضلاع بیرونی آن از قسمت ورودی ودر جهت حرکت عقربههای ساعت به ترتیب : 05/4 ،26/4 ،74/10 ،16/2 ،47/8 ،62/4 ،52/4 ،32/4 ،32/6 ،54/23 ،25 متر هستند. ورودی اصلی بنا در ضلع جنوبی ایوان واندازه در ورودی آن 5/1×64/1 متر است . جنس در از چوب و بر روی آن کنده کاریهای جالب توجهی دیده می شود . داخل بنا از پنج واحد تشکیل شده است.واحد یک ایوان است و از طریق ورودی آن به واحد دومرتبط می گردد. واحد دو شامل اتاق ورودی بوده و از طریق ورودی هایی که در داخل این واحد قرار دارد به واحد سه راه می یابد. واحد سه یک رواق Lمانند است ،که پیرامون جنوب و غرب اتاق مقبره را احاطه کرده است. بخش غربی این رواق از طریق یک ورودی به درون مقبره راه پیدا می کند .
بخش جنوبی رواق که در جهت غربی – شرقی قرار گرفته است ، از طریق یک ورودی که در جهت شمال آن قرار گرفته به اتاق مقبره مرتبط می شود. در این قسمت درگاه ورودی مقبره در وضعیت اولیه باقی مانده که در طرفین آن دو اتاقک احداث شده است .اتاق مقبره (گنبدخانه) به صورت هشت ضلعی اجرا شده و در هر ضلع آن یک طاق نمای عمیق قرارگرفته است البته در مواردی ازطاق نماهابه عنوان اتاقک تدفین استفاده شده است. هر طاق نما دارای دری از جنس چوب است که بلندی هر یک از انها به یک اندازه و برابر با ارتفاع 20/1 متر ساخته شده اند .
نمای بیرونی بنا از دو قسمت بدنه و گنبد بیرونی تشکیل شده است . ضلع جنوبی بدنه بنا به طول 25 متر و ارتفاع 5/5 متر است. در نمای این ضلع ایوان ورودی با طاقنمایی به عرض و ارتفاع 5/7×10/4 قرار گرفته است.
همچنین در قسمت غربی و شرقی ضلع جنوبی دو حجره قرار دارد . کتیبه گوشه غربی به اندازه 38×50 سانتیمتر بر دیوار نصب شده که بر حاشیه آن آیاتی از قرآن به صورت برجسته حجاری شده است.این کتیبه سنگ قبر زنی بنام «شاه خاتون» بوده و بر روی آن چنین نوشته شده است : « وفات یافت عصمت و مرحمت پناه شاخاتون پورقلی سنه 1206 ». کتیبه گوشه شرقی ایوان نشان می دهد که این بنا در تاریخ 1209 هـ.ق در زمان محمدتقی خان رازانی حاکم وقت بروجرد در قسمت ایوان و طاق تعمیراتی داشته است.
بر دیوار شمالی ایوان ورودی به داخل مقبره دری تعبیه شده است. این در از جنس چوب به عرض و ارتفاع 35/2×64/1 متر است. بر بالای در کتیبه ای با خط نسخ بسیار جالبی به طول و ارتفاع 66/1×8 سانتی متر کنده شده است و متن آن چنین است (قسمتی زیر گچ رفته بود) « فی ظهور امام زاده عظیم الشان سیدالسادات فی العالم، امام زاده جعفربن موسی کاظم علیه السلام فی تاریخ سبع وعشرو تسعمائه 917 هـ.ق».
بر چهار چوب در چنین نوشته شده است : « بانی حسین بن محمد اوردیا». به گفته حمیدایزدپناه همین شخص در سال 937 هـ.ق فوت نموده و در کنار حجره شمالی دفن شده است. و بر سنگ مرمر سیاه رنگی که بر کناره راست درگاه حرم بر دیوار نصب گردیده نام اونوشته شده است ».
اتاق مقبره بر نقشه هشت ضلعی است . اندازه هر ضلع آن برابر با 18/2 متر است . درون هر ضلع یک طاق نما تعبیه شده، درون طاق نماهای ضلع شمالی و شرقی اتاقک های تدفین قرار دارد . بنای امامزاده جعفر در تاریخ 26/8/1375 به شماره 1855 در فهرست بناهای تاریخی ایران به ثبت رسیده است .
گزارش تصویری و تحلیل فنی : احسان محمدحسینی – فاطمه کردی