پژوهشکده تاریخ علم دانشگاه تهران در سال ۱۳۷۵ با کسب موافقت اصولی از شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری تأسیس شد.
هدف اصلی پژوهشکده تاریخ علم «پژوهش و آموزش در زمینه تاریخ علوم در دوره اسلامی» است. چهار گروه پژوهشی آموزشی شامل «تاریخ ریاضی»، «تاریخ نجوم»، «تاریخ پزشکی و داروسازی» و «تاریخ فیزیک و فناوری» گروههای مصوب مرکز است. پژوهشکده دارای شورای پژوهشی آموزشی نیز فعال هست.
طبق اعلام دانشگاه تهران، در حال حاضر ریاست پژوهشکده تاریخ علم بر عهده دکتر مسعود صادقی است و طبق آنچه در گزارش دانشگاه تهران به آن اشاره شده فعالیت در زمینه انتشار کتب و مجلات، ارائه چندین پایان نامه و برگزاری نشست ها و همایش های علمی از جمله فعالیت های این پژوهشکده در سال گذشته به شمار می رود.