تهیه فهرست تمام میکروب های روی زمین

میکروب هایی که در زمین وجود دارند، بسیار زیاد و بی شمار هستند. به گفته راب نایت (Rob knight)، میکروبیولوژیست و مدیر مرکز نوآوری میکروبیوم دانشگاه کالیفرنیا در سن دیه گو، تقریبا چیز زیادی در مورد جمعیت عظیم باکتری های موجود در زمین نمی دانیم.

تهیه نقشه از میکروب های زمین – طبقه بندی اعضای مختلف و شناخت روابط آنها – یک جاه طلبی بسیار بزرگ است.

جک گیلبرت (Jack Gilbert)، میکروبیولوژیست و مدیر مرکز میکروبیوم دانشگاه شیکاگو گفت: تهیه کاتالوگ از تنوع میکروبی یک مشکل بسیار بزرگ است، چراکه حدود یک تریلیون گونه میکروب در این سیاره وجود دارد. 

نایت و گیلبرت، 7 سال قبل با همکاری جنت جانسون (Janet Jansson)، مدیر علوم بیولوژیکی در آزمایشگاه ملی نورث وست پاسیفیک، پروژه میکروبیوم زمین (Earth Microbiome Project) را آغاز کردند.

علاوه بر این 3 نفر، 500 محقق و پژوهشگر از 160 موسسه از 42 کشور جهان در کلان ترین مطالعه جهان میکروسکوپی حضور یافته و درحال تهیه و تکمیل نسخه پیشنهادی از نقشه میکروب های زمین هستند: نخستین پایگاه داده مرجع باکتری ها بر روی زمین.

این پروژه، یک تلاش بین المللی گسترده برای فهرست بندی و تهیه کاتالوگ از میکروب های سیاره زمین است.

محققان برای تهیه این نقشه، پروتکل های جدید، روش های تحلیلی، نرم افزار برای شناسایی و مقایسه میکروارگانیسم های جمع آوری شده از هر قاره را توسعه دادند.

بالغ بر 27 هزار و 751 نمونه از سراسر جهان، شامل (باکتری های) روده انسان، خاک آتشفشان قطب جنوب، رودخانه ای در آلاسکا، کف اقیانوس آرام جمع آوری شدند. نمونه های جمع آوری شده در این متاآنالیز، در 100 مطالعه قبلی نیز فهرست بندی شده بودند.

اما تفاوت عمده مطالعه اخیر، بررسی میکروب ها در انواع مختلف محیط ها، میکروب ها در (بدن) حیوانات، گیاهان، محیط های شور و غیرشور است. باوجود اینکه انواع میکروب ها در این محیط ها کاملا متفاوت هستند، اما اصول اکولوژیکی آنها عموما یکسان هستند.

طبقه بندی نمونه ها از طریق تعیین توالی ژن 16S rRNA که دارای جهش های منحصربفردی انجام شد؛ این جهش ها عملکردی مشابه بارکد باکتریایی ایفا می کنند.

با تعیین توالی تمامی باکتری ها در یک نمونه خاص، امکان مقایسه آنها با یکدیگر و خوشه بندی باکتری ها در گروه های مختلف براساس شباهت ها فراهم شد.

نتایج این مطالعه در مجله Nature منتشر شد.

 

مترجم: معصومه سوهانی

منبع: Wired

No tags for this post.